一、 博士班研究生選擇指導教授，應考慮指導教授之專長與經驗，學習環境與自己的研究目標。研究生必須和各實驗室老師充分討論後，至遲應於當年十二月底將博士論文指導教授認定通知書繳至研究所。

二、 研究生得申請不同實驗室的rotation，以作為選擇指導教授之參考。Rotation完成之後，才得選擇指導教授。

三、 指導教授之認定以本院專任教師為原則，如有需要，可徵得指導教授及諮議委員會之同意，另邀合格人員為共同指導教授（co-adviser）。

四、 具備指導能力之教授才能指導博士班學生，所謂指導能力，泛指學術研究水準，教育的熱誠及品德操守之堅持等之總和，無法用條例來規範，但學術研究水準必須具下列最低標準：

1. 在過去三年內有具體研究成果（例如曾在國際期刊〔如SCI 2000名〕發表三篇），或累積有卓越研究成果（例如曾在國際期刊〔如SCI 2000名〕發表十五篇）。

2. 應有進行中之研究計劃並有研究經費（如國科會或衛生署研究計畫）來支持研究生博士論文研究所需。

3. 博士班研究生的指導教授應有指導碩士班研究生完成論文的經歷，或曾獲得國科會一般甲等獎勵三次以上者。

五、 指導教授之認定由所長召集諮議委員通過並副署。

六、 每位教師至多指導三位研究生為原則，指導第四位以上研究生之條件只限於依碩士班研究生逕修讀博士學位作業規定通過之學生。