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一、 論文指導教授的設置目的在協助學生修課、研究及論文寫作的指導。研究生選擇指導教授，應考慮指導教授之專長與經驗、學習環境、自己的研究興趣與研究目標。本所碩士班與博士班指導教授相關辦法如下：
（一） 碩士班：
1. 碩士班新生於報到後，即可與相關研究興趣的老師詳談，找出最適合指導其進行及完成碩士論文的指導教授。且必須於入學後第一學期結束(1月31日)前，提出指導教授確認單，繳交到所上備查。
2. 碩士班研究生之指導教授須為本所專任教師、專案教師，或該學年於本所開授相關課程合計達2學分之合聘教師。
3. 指導人數：
(1) 為維持品質，每位專任/專案教師可指導之碩士生人數，每屆以不超過3位為原則，若有特殊情況，需由指導教授提請所務會議同意。
(2) 此外，每位專任/專案教師每年可同時指導之碩士班總人數最多9位（含延畢生和休學生）。且每位專任/專案教師每屆至少須指導1位碩士班或碩專班學生。
(3) 本所合聘教師符合指導教授資格者，每年最多可指導一位碩士班研究生。不符合指導教授資格之合聘或兼任教師，得擔任共同指導教授，但每屆至多可共同指導2位碩士班學生。
4. 本所學生不得由自己的工作單位主管或同事擔任指導教授。
5. 學生若更換主要指導教授，應依本所規定填寫「成功大學公衛所研究生更換指導教授申請單」，經原指導教授、新指導教授及所長同意始得為之。更換後六個月才能提出學位考試申請。若有特殊情形，得提出申請，由所長召開所務會議決議。
（二） 博士班：
1. 博士班研究生於報到後，即可與本所相關專長之專任教師討論，並應於入學後第一學期結束(1月31日)前，提出「指導教授確認單」送所務會議同意。
2. 博士班研究生之指導教授須為本所專任教師或該學年於本所開授相關課程合計達2學分之合聘教師。
3. 需具備指導能力之教師才能指導博士班學生。所謂指導能力，泛指學術研究水準、教育熱誠、及品德操守之堅持等總和，無法用條例來規範，但學術研究水準必須具備下列最低標準：
(1) 博士班指導教授應有指導碩士班研究生完成論文的經歷。
(2) 過去三年有具體的研究成果，發表於國內外重要期刊。
(3) 指導教授或共同指導教授之資格認定，需經所務會議同意。
4. 指導人數：
(1) 本所專任教師每屆至多可指導2位博士生，每年同時指導博班學生總人數合計不超過10位。若有特殊情況，需經所務會議同意。
(2) 本所合聘教師符合指導教授資格者，每年至多可指導一位博士生，不符合指導教授資格之合聘或兼任教師，得擔任共同指導教授。上述教師每屆至多可共同指導1位博士班學生。
5. 更換指導教授：
(1) 博士班研究生於就讀期間如有更換指導教授之必要，應依本所規定填寫「成功大學公衛所研究生更換指導教授申請單」，經原指導教授、新指導教授及所長同意始得為之。
(2) 需與原指導教授討論後，一個月內繳交「成大公衛所研究生更換指導教授之研究成果同意書」，以確定原指導教授與研究生之共同研究成果是否或有條件同意做為學位論文。過程中如有下列情形之一者，得由研究生提出申請，所長召開所務會議議決，或採其他妥適之方式處理：
A. 原指導教授拒絕同意者。
B. 研究生無法覓得新指導教授。
C. 原指導教授不同意共同研究成果做為學位論文。
D. 研究生對共同研究成果做為學位論文之條件有爭議。
(3) 博士班研究生若更換指導教授，應重組論文輔導委員會，始得申請學位考試。
二、研究生若未依本辦法規定，其學位考試成績不予承認。
三、本辦法經本所所務會議通過後實施，修訂時亦同。
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