1997.11.6研究發展委員會訂定、
1999.11.8研究發展委員會修正通過
2005.12.6研究發展委員會修正通過
2006.03.09院務會議修正通過
2006.12.11研究發展委員會修正通過
2007.12.11研究委員會修正通過
2008.11.04修正通過
2011.01.13研究委員會修正通過

一、為鼓勵國立成功大學醫學院（以下簡稱本院）及附設醫院新進人員之優良學術論文，特設立年度新人最佳論文獎。

二、凡在本院完成並於當年一月至十二月出版之學術論文，發表期刊之SCI排名在2000名內，或SSCI排名1000名內，或各專門領域排名前20%，該論文之第一作者或通訊作者，得自行向本院研究委員會申請。

三、申請人於該論文出版時必須符合以下資格： 本院教師（臨床醫師除外）任助理教授、講師未滿五年者（含）。

四、由研究委員會推薦聘請校內外專家每篇論文三人（校內專家不得多於一人），辦理論文審查。

五、評審辦法依據研究主題及目的（20%），研究方法及表達能力（30%），研究成果及價值（30%）， 及impact factor實際分數乘以3，惟最高分數不得超過20分，分別評分，由評審會就總合分數高低評定年度最佳論文，必要時得從缺。

六、同一論文不得重覆提出申請國立成功大學醫學院年度最佳論文。

七、依論文性質定分為基礎醫學、臨床醫學及人文醫學組三組，參選老師依據論文屬性可自由選擇參選組別，研究委員會有最後裁定參賽者組別決定權。得獎者分別給予獎牌一面，圖儀費各20萬元，請院長公開頒獎並刻名於院史館以茲獎勵。

八、本辦法如有未盡事宜由本委員會修定，經院長同意後公佈實施。