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一、為有效運用化學系(以下簡稱本系)各項資源，提升研究風氣，訂定『化學系碩士研究生選擇論文指導教授辦法』(以下簡稱本辦法)。
二、為顧及論文指導教授之負擔與學生受教權利，本系教師可以指導碩士研究生人數，規定如下：
(一) 沒有執行國科會或相關機關委託之補助專題計畫者，每年指導碩士班一、二年級學生人數合計3人。
(二) 執行一件國科會或相關機關委託之補助專題計畫者(註1)，每年指導碩士班一、二年級學生人數合計6人。符合本系五年內新進專任教師資格者得視同有執行一件國科會。
(三) 執行兩件（含）以上國科會或相關機關委託之補助專題計畫者，或執行一件專題計劃優良且符合特殊條件者(註2)，可依需求提出申請每年指導碩士班一、二年級學生人數合計8人。
(四) 如超過可收指導學生人數上限，則得由系主任召開協調會後，才可以再多增加指導學生人數。
(五) 每學期學生完成報到後，系辦公室則公布各教授所指導學生之人數，以及可再指導學生人數餘額。若無餘額之老師則無再收學生之權利。
(六) 本系共同指導研究生者，以指導二分之一人計。
(七) 合聘教師全學年每一門3學分的授課，至多可指導一名碩士班研究生(註3)，且必須與本系教師共同指導。其中合聘教師的指導研究生人數記錄為1.0，本系教師的指導研究生人數記錄為0.0。
三、碩士研究生選擇論文指導教授，依照以下方式辦理：
(一) 本系於『碩士班研究生甄試入學』與『招考碩士班研究生』考試後，各舉行一次『研究現況說明會』，說明本系各研究室現況。
(二) 碩士研究生錄取名單放榜後，本系根據該放榜名單，通知正取與備取研究生，參加本系『研究現況說明會』。
(三) 本系『研究現況說明會』，分上、下午兩場舉行。本系教師得本人或委託研究生，出席該說明會，說明各研究室現況。
(四) 說明會後，碩士研究生，依個人興趣，選填三至五位論文指導教授；本系教師，根據本辦法第二項之規定，決定指導論文之研究生。
(五) 5月1日收回多餘名額，並公告多餘名額有多少、每位教師可收人數、已收人數、尚餘人數，以及當下的備取狀況供老師參照。
(六) 收回多餘名額規則:保留現行辦法每位教師最低的三位名額下，將超過三位之多餘名額收回。
例一：可收人數為5位，已收人數0位，尚餘名額為5位，則保留3位名額，收回多餘的2位名額。(已收0人+保留3人=共3人)
例二：可收人數為5位，已收人數1位，尚餘名額為4位，則保留2位名額，收回多餘的2位名額。(已收1人+保留2人=共3人)
(七) 收滿學生(尚餘名額為0)後且又有學生想找已收滿的教師，可找系主任討論爭取使用系回收之名額。
(八) 秋季班入學的碩博士研究生，於入學當年10月31日後更換指導教授，其畢業日期至少延長半年。春季班入學的碩博士研究生，於入學次年4月30日後更換指導教授，其畢業日期至少延長半年。
四、本辦法經系務會議通過後實施，本系教師請確實遵守，若因未依本辦法所衍生之疏失，一切責任由碩士班研究生選擇指導論文教授委員會裁決。
五、本辦法經系務會議通過，報教務處存查後實施，修訂時亦同。
註1：建教計畫須以成大化學系為計畫執行單位，累計金額總數在新台幣50萬元至二百萬元（不含），視同一件國科會計畫。計畫(科技部、教育部、農委會……等)須請老師提供的實際證明文件(必須明確知道某位老師在某個計畫有拿到多少可使用金額)為依據。若是一整合型計畫，因為通常只有總主持人獲得核定清單，但此整合計畫內的子計畫並未有核定清單，不過子計畫負責人仍分配有計畫經費時，子計畫負責人所分配之經費，請總主持人提供分配給子計畫負責人的證明為依據。
註2：研究經費每年除設備費外高於新台幣二百萬元，或國外差旅費15萬元（含）以上，或有核給博士後研究人員一名（含）以上。
註3：每3學分的授課，可指導一名碩士班研究生。
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