81/01/09  80學年度第1學期第2次系務會議通過
84/01/20  83學年度第1學期第2次系務會議修訂通過 
84/02/08  84學年度第2學期第1次系務會議修訂通過 
84/02/13  工學院修訂通過 
84/09/15  依研發字第126號函修訂 
90/07/30  89學年度第2學期第2次系務會議修訂通過 
91/02/04  90學年度第1學期第2次系務會議修訂通過 
102/04/11  101學年度第2學期第1次系務會議修訂通過 
102/08/06  102學年度第1學期第1次系務會議修訂通過 
103/05/09  工學院第149次院務會議修訂通過 
105/02/26  校核備通過 
106/12/14  106學年度第1學期第3次系務會議修訂通過 
107.04.12　106學年度第2學期第2次系務會議通過
107/05/24  工學院第161次院務會議修訂通過 
109/03/31　108學年度第2學期第1次系務會議通過
109/04/16  校核備通過 

1. 第一條 國立成功大學水利及海洋工程學系(以下簡稱本系)為推選本系系主任，依國立成功大學組織規程第二十八條及第二十八條之一規定訂定本辦法。
2. 第二條 系主任任期一任為三年，連選得連任一次。系主任任期未滿而離職者，以一任計。
3. 第三條 現任系主任倘有續任意願，應於任期屆滿五個月前，經系務會議全體專任教師三分之二以上出席，出席教師三分之二以上同意後得連任，依行政程序報請校長續聘之。
4. 第四條 本系系主任任期屆滿決定不續任時，應於任期屆滿四個月前組成推選委員會，依本辦法於任期屆滿一個半月前完成推選工作。
5. 第五條 推選委員會委員由本系全體專任教師擔任，並推選召集人及副召集人各一人，辦理選務工作，公開徵求推薦人選。推選委員如提出系主任候選人書面申請，應解除委員職務。
6. 第六條 凡曾任國內外大學土木水利相關系所專任教授、副教授，具中華民國國籍，或兼具外國國籍，均具候選人申請資格。申請人若非本系專任教授、副教授時，須先取得本系教師評審委員會同意。
7. 第七條 申請人須向推選委員會提出書面申請；申請時必須提供學經歷、學術著作及對本系發展意見。推選委員會將符合候選資格者列名以備推選。
8. 第八條 推選委員會應有三分之二以上委員出席，始得開會。
9. 第九條 系主任之推選，採單一階段無記名方式進行，由出席委員對各候選人行使同意權投票。候選人達同意票過半數者，依得票數高低取前三人為本系系主任推薦人選。不足三人時，則依實際達同意票過半數之候選人作為本系系主任推薦人選。前項投票結果候選人均未獲過半之同意票，則依本辦法重新推選。
10. 第十條 推選委員會應將第九條產生之系主任推薦人選註明得票數，提報工學院院長及轉請校長擇聘。
11. 第十一條 系主任在任期內因故出缺或因請假、出國不能親自執行其職務連續超過三個月者，視為出缺。本系應依本辦法組成推選委員會辦理新任系主任推選事宜。
    學期中就任者，任期自次一學期起(八月一日或二月一日)計算。
12. 第十二條 主任在任期間如發生重大事件致有不適任之虞者，由全系教師二分之一以上連署提案，經系務會議代表三分之二以上出席，及出席代表三分之二以上議決通過，報請校長核定，解除其系主任職務。
13. 第十三條 本辦法未盡事宜，悉依本校組織規程暨相關規定辦理。
14. 第十四條 本辦法經系務會議及院務會議通過，報請校長核備後施行，修正時亦同。